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肠内乳酸菌居优势时，能保护人体不受有害病原菌的侵袭，乳酸菌对抗肠道病生菌的方式有：
1、乳酸菌分泌物使肠道维持在一个酸性的环境下，有害菌不能在酸性环境下生存，而且有害菌的酶在酸性环境下也会失去活性。
2、乳酸菌的成分和分泌物可直接阻止有害菌的生长，例如嗜酸乳杆菌含有嗜酸菌素，这种天然抗生素可以直接抑制10多种有害病原菌在肠道内生长。
3、乳酸菌数目增加成为优势菌群时便可占有大量的空间和食物，使其他菌种得不到充足的营养和空间，直至死亡。